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  • 泛基因组测序

    产品介绍常见问题经典案例结果展示


    泛基因组研究,探秘物种间潜在密码。

    泛基因组包括核心基因组(Core genome)和非必须基因组(Dispensable genome)。
    其中,核心基因组由所有样本中都存在的序列组成,
    一般与物种生物学功能和主要表型特征相关,反映了物种的稳定性;
    非必须基因组由仅在单个样本或部分样本中存在的序列组成,一般与物种对特定环境的适应性或特有的生物学
    特征相关,反映了物种的特性。针对不同但又相互关联的个体材料进行较高深度测序,
    单独进行组装,构建泛基因组图谱,以期获得该物种完整的遗传信息。

    因材而为,挖掘品种特异性。

    选择不同亚种的材料:可以研究物种的起源及演化等重要生物学问题;
    选择野生种和栽培种等不同特性的种质资源:可以发掘重要性状相关的基因资源,为科学育种提供指导;
    选择不同生态地理类型的种质资源(不同世系):可以开展物种的适应性进化,外来物种入侵性等热门科学问题的
    研究,为分子生态学等学科提供新的研究手段。

    科学方案设计

    从材料选取,建库测序,到数据分析,
    每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    物种基因组特点 简单基因组 复杂基因组
    组装水平 低指标组装 高指标组装 低指标组装 高指标组装
    样品要求 DNA总量≥300 μg DNA总量≥300 μg DNA总量≥300 μg DNA总量≥500 μg
    建库策略 350 bp,2 Kb,5 Kb 350 bp,2 Kb,
    5 Kb,10 Kb
    350 bp,450 bp,
    2 Kb,5 Kb,10 Kb
    350 bp,450 bp,2 Kb,5 Kb,
    10 Kb,15 Kb
    测序策略 HiSeq PE150 ≥80X HiSeq PE150 ≥100X HiSeq PE150 ≥100X HiSeq PE150 ≥200X
    组装指标 Contig N50 ≥10 Kb
    Scaffold N50 ≥100 Kb
    Contig N50 ≥30 Kb
    Scaffold N50 ≥1 Mb
    Contig N50 ≥10 Kb
    Scaffold N50 ≥50 Kb
    Contig N50 ≥20 Kb
    Scaffold N50 ≥500 Kb
    项目周期 到标准分析8个月;具体情况依据样
    品个数而定
    到标准分析8个月;具体情况依据样
    品个数而定
    到标准分析10个月;具体情况依据
    样品个数而定
    到标准分析12个月;具体情况依据
    样品个数而定

    信息分析

    泛基因组测序是对多个物种进行低/高深度的测序、组装和注释,
    通过构建泛基因组图谱,可得到这个物种的全部基因。同时还可
    对多个品种进行比较分析,挖掘品种特有的基因以及变异位点,这
    些变异位点以及特有基因往往与物种特有的生物学功能有关。

    泛基因组 分析内容
    组装 Pan-genome构建
    组装结果评估
    注释 重复序列注释
    基因结构注释
    基因功能注释
    非编码RNA注释
    生物学分析 比较基因组分析 基因家族分析
    系统进化分析
    正选择分析
    共线性分析
    高级分析 挖掘特有基因
    基于组装序列进行变异检测分析

    悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

    泛基因组采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
    诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
    实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
    以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

    出色完成每一个项目环节

    诺禾致源的基因组合作项目遍布全球,引领基因组研究潮流。
    到2015年为止发表的动植物泛基因组高分文章(IF>25)中,有近1/3发表于Science,Nature等
    顶级期刊(IF>40),这些发表的泛基因组研究,具有一个共同的特征——组装指标更高,
    研究更为全面和彻底。目前泛基因组研究涉及鸟类,陆生/水生等珍稀动物,
    昆虫,植物??杉夯蜃檠芯康牡匚缓椭匾庖?。

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