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  • 真菌de novo 测序

    产品介绍常见问题经典案例结果展示


    无限未来的创造者————真菌基因组

    真菌基因组研究,是通过基因组测序和组装
    获得真菌全基因组序列,并对其进行结构和功能研究的方法。依据研究目标所需精细程度的不同,
    我们提供了真菌框架图、精细图和作为真菌精细图前置的真菌Survey三种不同的解决方案。
    对这些菌株的深入研究,也让我们能够更好的了解和利用真菌资源,创造出更大的价值。

    多样化基因组解决方案

    多平台的选择,不同精细程度的真菌基因组测序方案,适用不同研究背景,
    为您量身定制最适宜的真菌基因组解决方案。

    产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
    真菌Survey Illumina PE150 350bp文库 ≥ 100X 估算基因组大小
    评估组装难度
    30个自然日
    真菌框架图 Illumina PE150 350bp文库 ≥ 100X 大量菌株
    框架测序
    45个自然日
    真菌精细图 PacBio PacBio文库 ≥ 100X
    350bp文库 ≥ 50X
    基因组<100 Mb
    CN50*≥2 Mb;
    基因组≥100 Mb
    CN50*≥500 Kb
    少量个体
    精细组装
    60个自然日

    科学方案设计

    从材料选取,建库测序,到数据分析,
    每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

    信息分析

    分析内容=标准分析+高级分析。
    不同精细程度的真菌基因组信息分析,解密真菌的发展历程,探究其潜在价值。

    研究领域 具体内容 作用
    基因组组装 基因组组装及结果评估 组装获得高质量的基因组序列
    基因组结构研究 编码基因预测 多种预测途径获得可靠编码基因信息
    ncRNA预测 预测非编码RNA结构
    重复序列分析 分析基因组重复序列结构
    基因基本功能注释 常见功能数据库注释
    (NR、GO、KOG、KEGG 、Pfam 、SwissProt、TCDB、CAZy)
    通过常见权威数据库解释编码基因功能
    菌株致病相关研究 病原与宿主互作(PHI)、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇、
    细胞色素P450、真菌毒力因子(DFVF)
    从胞外分泌、宿主互作等机制解释菌株致病性

    深入到位的数据挖掘

    不论是个体深入变异解析,还是群体进化历史解读,我们都有完备的解决方案,
    为您解决关心的生物学问题。

    研究目标 应用技术 解决问题
    个体深入变异解析 基因组间共线性分析 基因组一对一共线性比较
    寻找基因组间同源序列
    基因组间变异检测 以共线性区域为基础
    全面解析基因组间变异信息
    群体进化历史解读 基因家族构建 基于MCL算法精准聚类
    单拷贝基因用于进化分析
    进化树构建 构建菌株间进化关系
    解析菌株起源传播规律

    悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

    真菌基因组测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
    诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,
    实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
    以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

    出色完成每一个项目环节

    诺禾致源微生物客户遍布全球,截止2019年6月,已发表20余篇微生物基因组文章,
    真菌基因组完成样品数超过2,000个,项目合作领域涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等广泛领域。
    “科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”
    确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。

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