• 贸易战正式开启!商务部:美方反复无常挑起贸易战,将强有力回击![上火] 2019-12-07
  • 神州专车爱心助考 30城上线高考“神”助攻专车 2019-12-07
  • 郭富城娇妻方媛久违晒自拍 变粉嫩兔女郎眼神迷离 2019-12-06
  • 荔枝宝宝APP全面上线 人机智能交互破冰母婴孕期APP现有格局 2019-11-27
  • 奥迪Q3优惠达5.8万元 限时特惠到店有礼 2019-11-22
  • 《一说到底》第196期:从守规惨死说如何杜绝“规则破窗者” 2019-11-07
  • U+:顺情之境 中和之美 2019-11-05
  • 全球首例!这一整座城市,被列入“世界文化遗产” 2019-11-01
  • [微笑]你说的这种情况越来越少了,一是人们的素质都在不断提高,二是有相应的管理机制。 2019-11-01
  • 告诉你家掌勺的,9种吃法让营养流失 2019-10-30
  • 江苏国资改革迎大动作 金陵饭店集团获注13家酒店类资产 2019-10-30
  • 全区第二届大学生网络文化节启动 2019-10-25
  • 男子为替朋友出气 假冒"安监局科长"查封企业被拘 2019-10-25
  • 科学家发现混元兽 是距今1.26亿年哺乳动物--旅游频道 2019-10-01
  • 南开大学出版社张彤:必须每一个环节都“门儿清” 2019-09-30

  • 群体进化

    产品介绍常见问题经典案例结果展示


    结果展示

    SNP检测及注释

    开发SNP标记,注释及过滤

    SNP(单核苷酸多态性)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,
    包括单个碱基的转换、颠换等。我们采用SAMTOOLS等软件进行群体SNP的检测,
    利用ANNOVAR软件对SNP检测结果进行注释。

    SNP检测及注释结果统计

    Category Number of SNPs
    Upstream 203,062
    Exonic Stop gain 2,142
    Stop loss 564
    Synonymous 247,194
    Non-synonymous 167,809
    Intronic 321,306
    Splicing 1,471
    Downstream 189,867
    upstream/downstream 51,199
    Intergenic 986,703
    ts 1,256,052
    tv 915,265
    ts/tv 1.372
    Total 2,171,317

    CNV检测及注释

    开发CNV标记并进行注释

    CNV主要是全基因组水平发生的大片段(≥1,000 bp)的duplication或deletion现象,
    通过个体的深度测序,基于软件CNVnator以全基因组的深度分布差异情况,来确定CNV发生的区域。

    CNV检测及注释结果统计

    Category Number of CNVs
    Total 1,747
    Upstream 107
    Exonic 422
    Intronic 24
    Downstream 53
    Upstream/Downstream 17
    Intergenic 1,124
    Duplication 552
    Deletion 1,195

    群体遗传多样性分析

    科学推测群体亲缘关系

    1. 群体进化树分析

    系统进化树(phylogenetic tree,又称evolutionary tree进化树)是描述群体间分化顺序的分支图或树,用来表示群体间的进化关系。根据群体的物理或遗传学特征等方面的共同点或差异可以推断出它们的亲缘关系远近。我们采用邻接法(neighbor-joining methods)构建进化树。

    2. 群体主成分分析

    主成分分析(PCA)是一种纯数学的运算方法,可以将多个相关变量经过线形转换选出较少个数的重要变量。PCA应用到很多学科,在遗传学当中,主要用于聚类分析,它是基于个体基因组SNP差异程度,按照不同性状特征将个体按主成分聚类成不同的亚群,同时用于和其它方法做相互验证。

    3. 群体遗传结构分析

    群体遗传结构指遗传变异在物种或群体中的一种非随机分布。按照地理分布或其他标准可将一个群体分为若干亚群,处于同一亚群内的不同个体亲缘关系较高,而亚群与亚群之间则亲缘关系稍远。群体结构分析有助于理解进化过程,并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。

    群体选择分析

    ——连锁不平衡分析

    连锁不平衡(Linkage disequilibrium, LD)指群体内不同位点等位基因间的非随机性组合的关系,即当位于同一条染色体的两个等位基因(A,B)同时存在的概率,大于群体中因随机分布而同时出现的概率时,就称这两个点处于LD状态。一般来说,在连锁不平衡分析中,野生种的LD值较低,而驯化种由于受到了正选择的作用,LD值就会偏大。

    群体选择分析

    ——基于SNP的选择消除分析

    1. 基于群体分化(Fst)

    群体的固定系数F反映了群体等位基因杂合性水平。固定系数F是F统计量(Fst)的一个特例。0≤Fst≤1,Fst越接近1表示亚种群间的种群分化越明显。

    2. 基于群体多样性分析

    群体θπ值反映了群体基因组碱基多样性。θπ分析,通过以一定大小的窗口(如5 Kb)在基因组上滑动,并对滑动窗口中群体遗传信息的差异(SNP)进行分析。

    3. 基于Fst和π的选择消除分析

    Fst和π已被证实是一种很有效力地检测选择消除区域的方法,特别是在挖掘与生存环境密切相关的功能区时,往往可以得到较强的选择信号。

    群体选择分析

    ——基于CNV的选择消除分析

    除了点突变,CNV(拷贝数变异)也可能在长期的进化过程中受到强烈的选择,
    从而基因组受选择区域出现CNV 频率变化的现象,通过比较不同群体的CNV频率差异,
    挖掘出进化上受选择的基因区域。采用选择性消除分析参数
    RFD(relative frequency difference)进行分析,筛选出显著受选择的CNVs。

    种群历史和有效群体大小分析

    种群进化动态的探索

    有效群体大?。‥ffective population size,Ne)指与实际群体有相同基因频率方差
    或相同杂合度衰减率的理想群体含量,通常小于绝对的群体大小。它决定了群体平均近交系数增量的大小,
    反映了群体遗传结构中基因的平均纯合速度,是群体遗传学研究的一个重要内容。
    有效群体大小的研究有利于我们更清楚的了解种群进化历史和复杂性状的遗传机制。

    基因功能富集分析

    候选区域的基因功能分析

    完成选择消除分析后,一般会根据GO、KEGG数据库进行功能注释或下载已有的注释文件,
    对筛选出的区域进行基因功能富集。

  • 贸易战正式开启!商务部:美方反复无常挑起贸易战,将强有力回击![上火] 2019-12-07
  • 神州专车爱心助考 30城上线高考“神”助攻专车 2019-12-07
  • 郭富城娇妻方媛久违晒自拍 变粉嫩兔女郎眼神迷离 2019-12-06
  • 荔枝宝宝APP全面上线 人机智能交互破冰母婴孕期APP现有格局 2019-11-27
  • 奥迪Q3优惠达5.8万元 限时特惠到店有礼 2019-11-22
  • 《一说到底》第196期:从守规惨死说如何杜绝“规则破窗者” 2019-11-07
  • U+:顺情之境 中和之美 2019-11-05
  • 全球首例!这一整座城市,被列入“世界文化遗产” 2019-11-01
  • [微笑]你说的这种情况越来越少了,一是人们的素质都在不断提高,二是有相应的管理机制。 2019-11-01
  • 告诉你家掌勺的,9种吃法让营养流失 2019-10-30
  • 江苏国资改革迎大动作 金陵饭店集团获注13家酒店类资产 2019-10-30
  • 全区第二届大学生网络文化节启动 2019-10-25
  • 男子为替朋友出气 假冒"安监局科长"查封企业被拘 2019-10-25
  • 科学家发现混元兽 是距今1.26亿年哺乳动物--旅游频道 2019-10-01
  • 南开大学出版社张彤:必须每一个环节都“门儿清” 2019-09-30
  • 福彩黑龙江36选7开奖结果查询结果 十一运夺金第四课 同乐彩网址 广西快3推测 云南11选5历史开奖 顶尖高手心水论坛 四川时时彩app下载手机版下载手机版下载手机版下载 街机海王捕鱼下载最新手机版 曾道人黄金资料 海南环岛赛车彩票控